时空全景测序,包括空间全景和时间全景。
空间全景是指测得全,包括全突变谱,全表达谱,全融合谱,全免疫谱。时间全景是指在空间全景的基础上,多个时点连续监测。
一、血液肿瘤全突变谱——Panel及全外显子测序分析
传统的Sanger测序已不能满足血液肿瘤分子诊断的需要,这主要缘于Sanger测序的局限性:
通量低:一次只能检测少数几个基因,而需要检测的基因有上百个,必然会漏检。
灵敏度低:只能检测到丰度超过30%的突变,无法检测早期肿瘤的低丰度突变。
上图示意,当突变率(丰度)接近50%,Sanger测序才能检测到双峰,但当突变率低于30%,就难以鉴别矮峰是低丰度突变还是测序干扰。
全突变谱,是指通过对肿瘤细胞的高通量测序(NGS),合胚系测序对照,得到所测基因的全部体细胞突变。一般采用捕获测序策略,因检测范围和成本不同,主要分Panel或全外显子组两类。
- 血液肿瘤Panel测序分析
将全部血液肿瘤相关的约上百个基因DNA编码区进行NGS测序,特点是:
高通量:一次检测数十万个碱基,这是Sanger测序无法企及的;
灵敏:高深度(2000X以上)测序,可以检测到低丰度突变。
报告提供超有价值的临床信息,包括用于指导用药的药物靶标分析、药物敏感性分析,以及判断预后的分析等。
- 血液肿瘤全外显子组测序(WES)分析
智因血液肿瘤全外显子组测序是对2万个基因的编码序列进行高深度测序,测序深度为:
肿瘤组织(或骨髓)600X,正常对照组织100X,5%以上丰度变异检出率大于95% 。
外周血循环肿瘤DNA(ctDNA)1000X,正常对照组织100X,3%以上丰度变异检出率大于95% 。
与Panel相比,WES可以提供更多的临床价值:
- 用药及预后指导(与Panel相同);
- 肿瘤突变负荷(TMB)分析(用于PD1药物指导);
- 肿瘤新抗原(neoantigen)分析(用于新抗原免疫治疗);